ตำบลคลองอู่ตะเภา เดิมชื่อว่า ตำบลท่าแซ เหตุที่ต้องเปลี่ยนชื่อเป็นตำบลคลองอู่ตะเภา เนื่องจากสมัย ฯพณฯจอมพล ป.พิบูลสงคราม เป็นนายกรัฐมนตรีและพลเอก ม.พรหมโยธี เป็นรมต.กระทรวงมหาดไทย มีนโยบายที่จะพัฒนาตำบลในประเทศไทย จึงได้ส่งปลัดอำเภอออกไปประจำตำบลต่าง ๆ เรียกว่า ปลัดอำเภอประจำตำบล ตำบลละ 1 คน เพื่อร่วมกับกำนันในพื้นที่ทำการพัฒนาตำบล แต่ครั้นจะใช้ปลัดอำเภอให้ครบตามจำนวนตำบลที่มีอยู่ทั่วประเทศก็จะสิ้นเปลืองบประมาณมาก จึงได้พิจารณายุบตำบลที่มีลักษณะคล้ายคลึงกันรวมเข้าด้วยกัน ด้วยเหตุนี้ตำบลท่าแซ ตำบลบ้านหารและตำบลแม่ทอมจึงได้รวมเข้าด้วยกัน เป็นตำบลคลองอู่ตะเภา แต่ต่อมาได้ล้มเลิกวิธีการปกครองดังกล่าว ตำบลใดที่ถูกยุบรวมก็ตั้งขึ้นใหม่อย่างเดิม และใช้ชื่อเดิม แต่ตำบลท่าแซไม่ได้ตั้งขึ้นอย่างเดิมคงใช้ชื่อว่า "ตำบลคลองอู่ตะเภา"